Malgré ces aides, des difficultés d'apprentissage peuvent perdurer chez certains élèves. La proposition d’un travail spécifique, relevant du domaine de l'Adaptation, peut alors être faite par les écoles qui bénéficient d’un Regroupement d’Adaptation. Un enseignant spécialisé intervient, en complémentarité de ce qui est proposé en classe, pour aider l'élève dans les disciplines qu'il maîtrise le moins. La mise en œuvre d'un tel dispositif se fait avec l'accord des parents et après avis du conseil de cycle.
Dans les cas de maladie invalidante ou de troubles spécifiques, la scolarité en classe doit être envisagée en s’appuyant sur un projet précis (Projet d’Accueil Individualisé) élaboré en lien avec le médecin scolaire et parfois des partenaires extérieurs à l’école. (Orthophoniste, Centre Médico Psychologique,…)